É a interpretação, avaliação e manejo do sistema agrícola, a exemplo de um ecossistema. Permite conduzir a produção com base nas interrelações entre os elementos constituintes desses sistemas, como homem e recursos naturais (solo, água, plantas e organismos e microrganismos) e entre outros sistemas externos, sob o aspecto econômico, social, cultural e ambiental. Assim, nos agroecossistemas é considerado o complexo conjunto das interações biológicas, físicas e químicas que determinam o processo de obtenção e manutenção em longo prazo da produção, que não se restringe à preocupação isolada com as saídas dos sistemas (produtividade ou rendimento das atividades agropecuárias).
