Alimentos hidropônicos têm um processo de produção diferente ao processo proposto pela agricultura orgânica. Na hidroponia podem ser utilizados agrotóxicos. Os hidropônicos são caracterizados pelo cultivo direto na água, enquanto a agricultura orgânica trabalha com o solo como organismo vivo. Na hidroponia, fertilizantes altamente solúveis, proibidos pela agricultura orgânica, são colocados na água e absorvidos pelas raízes das plantas.
